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是目前發酵工業中經濟實用的空氣除菌方法，它是采用定期滅菌的介質來阻截流過的空氣所含的微生物，而取得無菌空氣，常用的過濾介質有棉花、活性炭或玻璃纖維、有機合成纖維、有機和無機燒結材料等等。由于被過濾的氣溶膠中微生物的粒子很小，一般只有0.5~2μm，而過濾介質的材料一般孔徑都大于微粒直徑的幾倍到幾十倍，因此，過濾機理比較復雜。同時，由于空氣在壓縮過程中帶入的油霧和水蒸汽冷凝的水霧影響，使過濾的因素變化更多。當過濾介質孔隙小于或被過濾的微粒直徑時，通常稱為*過濾。隨著工業的發展，過濾介質逐漸由天然材料棉花過濾到玻璃纖維、細玻璃纖維和其他澆結材料的過濾介質及微孔超濾膜的*過濾。目前，在許多發酵工廠運用膜材質進行空氣除菌，獲得了較好的效果。